总理的合法性来自于国家元首。由国家元首"任命总理（…）和其他政府成员，或结束他们的任期"，总理不在于议会授权。宪法第十六条赋予总统在紧急时刻以特殊的权力。阿尔及利亚战争期间这一特殊权力曾被多次运用。国家元首作为军队的首脑有权"商讨并批准条约"（第五十二条），并全权处理国防和外交事务。

戴高乐将军共任命三位部长，他们彼此的个性都各不相同。米歇尔·德勃雷（1959年1月-1962年4月）致力于重振金融，整顿经济。但是既反映了共和国总统作为国家首脑的分量，也反映了完全为国家服务的总理的分量的最重要的事件，还是阿尔及利亚问题。在这一问题上，他们之间出现了分歧。在阿尔及利亚独立的公民投票结束之后，忠实于戴高乐的德勃雷向他提交了辞呈。e.

乔治·蓬皮杜（1962年4月-1968年7月）连续领导了几任政府。他的政府成员既包括其它党派的成员，也包括老牌戴高乐派分子。蓬皮杜第一任政府成立于1962年4月15日。当时，阿尔及利亚问题已经解决，总理的任务是完成法国的现代化。戴高乐的普选产生总统的要求导致与议会发生第一次危机。1962年10月议会弹劾政府，政府被推翻。随后，总统解散议会，保全了政府。立法选举直到1962年公民投票通过了普选产生总统之后才举行。立法选举之后，蓬皮杜递交辞呈，但被要求继续留任直至1966年1月。1965年12月总统大选之后，他再次提出辞职，但又被任命为总理组阁政府。1967年3月的立法大选之后，他又重新提出辞职申请，但又再次被任命为总理。此时的蓬皮杜已逐渐确立了作为戴高乐主要党派法国民主联盟UDR的领袖地位，也意味着他将成为戴高乐未来的继承人。

由于蓬皮杜伊无意继续担任总理，1968年7月10日戴高乐接受了他的辞职，任命从1958年起任外交部长、最近一个月刚刚担任财政部长的莫里斯·顾夫德姆维尔为总理（1968年7月-1969年4月28日）。最后一任政府刚刚来得及进行大学改革（由埃德加·富尔起草指导法）和治理十一月份的金融危机。随后，戴高乐不顾一些政府成员的反对于1969年4月就区域改革和参议院改革举行了公民投票。

尽管根据宪法，由政府制定并执行国家政策，但戴高乐将军认为，总统应该对政府的行为给予启发。总理并没有政府首脑的头衔，因为国家首脑只有一个，那就是共和国总统。由戴高乐组织的部长会议和新闻发布会是国家元首对政府的权威的标记，从而也解释了人们为什么把戴高乐称为是"共和国的君主"。