À partir du 18 juin 1940, de Gaulle tente de rassembler sous l'emblème de la croix de Lorraine, les territoires de l'Empire colonial et tous les Français décidés à combattre pour que la France soit présente à la victoire.

Churchill le reconnaît, le 28 juin, comme le chef des Français Libres. De Gaulle organise des forces armées qui deviendront les Forces françaises libres. En vertu d' un accord préparé par René Cassin, juriste de grand renom, et reconnu par les Britanniques le 7 août, les FFL ne sont pas une légion étrangère au sein des forces britanniques, mais gardent leur caractère national et indépendant. Les forces françaises sont encore peu nombreuses, mais elles ont un statut et les ralliements se multiplient, en Angleterre et dans l'Empire. Cependant, la malheureuse affaire du bombardement de notre flotte de Mers El Kébir par les Anglais, le 4 juillet 1941, marque un fléchissement des ralliements.

Le général de Gaulle crée à Brazzaville un organe politique, le Conseil de défense de l'Empire le 27 octobre 1940, mais il insiste sur le fait qu'il sera redevable de ses actes devant la France à la fin de la guerre. L'armée allemande envahit l'Union Soviétique le 22 juin 1941 et l'aviation japonaise attaque la base américaine de Pearl Harbor, le 7 décembre : la guerre devient planétaire. De Gaulle dote la France Libre d'un Comité national français en septembre 1941, préfiguration du gouvernement en exil, qui deviendra le Comité français de la Libération nationale le 3 juin 1943 après son arrivée à Alger et qu'il copréside avec le général Giraud. Celui-ci était d'abord resté fidèle au Maréchal mais ses troupes se rallient ensuite aux Forces françaises libres. D'Alger, le général de Gaulle met à la disposition du commandement allié une armée qui va activement participer aux campagnes d'Afrique du Nord et d'Italie et apporter une contribution importante à la libération de la France puis à la défaite de l'Allemagne. Le général de Gaulle est le président du Gouvernement provisoire de la République française (GPRF) formé un an plus tard, le 3 juin 1944.

À partir de 1942, les relations sont devenues plus étroites entre la France Libre et la Résistance intérieure. De Gaulle charge Jean Moulin d'organiser en France le Conseil national de la Résistance dans lequel toutes les tendances des partis politiques, des syndicats et des mouvements de résistance doivent être représentées, afin de coordonner la lutte contre l'occupant et contre Vichy, en vue de libérer le territoire national. Il en va aussi de l'unité nationale face aux alliés lors de la Libération. De Gaulle se heurte aux alliés qui ne le reconnaissent pas comme le représentant légitime de la France malgré toutes les assurances qu'il a pu donner et celles de son entourage : son pouvoir n'émane pas d'élections démocratiques. Ce n'est que le 23 octobre 1944, trois mois après la libération de Paris, que le GPRF est reconnu par les trois grands : États-Unis, Union soviétique et Grande-Bretagne. Le Général avait toujours affirmé que le choix des Français se ferait librement et démocratiquement après la libération du territoire : plusieurs ordonnances sur l'organisation des pouvoirs publics et sur le rétablissement de la légalité républicaine préparées en cette année 1944 traduisent la réalité démocratique du pouvoir du chef des Français libres.